Znaczna część przedsiębiorców, którym wstrzymano zwrot VAT nie zdaje sobie sprawy z tego, jak poważne mogą być konsekwencje stwierdzenia braku zasadności dokonania takiego zwrotu. Większość obawia się trudności w funkcjonowaniu firmy, utraty środków finansowych i kontrahentów, ewentualnie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. Konsekwencje mogą być jednak dużo większe, a wynikają one z kodeksu karnego skarbowego.