Sposób rozliczenia podatku VAT po zakończeniu umowy najmu uzależniony jest od tego, w jaki sposób zostanie rozliczona pobrana kaucja albo w jaki sposób nastąpiło rozliczenie poniesionych nakładów ulepszających w wynajmowanym lokalu. Ważne jest także to, czy najemca po zakończeniu umowy najmu lokal opuścił, czy dalej z niego korzysta.